Las comisiones constituyen los brazos ejecutores de los diversos proyectos que la Federación lleva a cabo. De acuerdo a los Estatutos de la FIMPES existen dos tipos de comisiones: permanentes y ejecutivas. Las primeras responden directamente a la Asamblea General y las segundas al Consejo Directivo.

Las comisiones ejecutivas de la FIMPES son un excelente ejemplo de cooperación. Compartir y aprender en las diversas áreas que cubren son oportunidades que la Federación alienta y se esfuerza en hacer extensivas a todos sus miembros. Basta con la decisión de las instituciones, sus rectores, funcionarios y académicos para participar en el amplio abanico de cooperación que abre el trabajo en las comisiones.

A lo largo de los 27 años de la FIMPES se han formado numerosas comisiones, algunas se han disuelto, otras han concluido sus tareas y otras más continúan vigentes.

Las comisiones vigentes en la actualidad son:

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